Skyline 靶向方法优化本教程将介绍 Skyline 靶向蛋白质组环境中可用于优化选择性反应监测（简称 SRM；亦称为“多反应监测”，简称 MRM）质谱仪实验方法的功能。当给定蛋白质的一组理想目标肽段没有或未知时，Skyline 能够简单创建可测量范围十分广泛的各种肽段的方法，以在样品基质中搜寻最适合测量的肽段。然后，将这些首次测试的结果导入Skyline，Skyline 可以帮助您优化方法，以改进下一轮的测量。我们将这称为“靶向方法优化周期”，该方法经常以下图体现：通过循环此周期，您可以从比较笼统的假设开始，包括您想监测的 100 多个蛋白质，快速缩小清单至最佳肽段、子离子和仪器设置以便达到您的实验目标。本教程将引导您逐步完成此优化周期的两个半循环，以便让您知晓如何进行更多的循环来创建充分优化的定量方法。入门指南要开始本教程，请下载下列 ZIP 文件：https://skyline.gs.washington.edu/tutorials/MethodRefine.zip将文件解压到您的电脑的某个文件夹，比如：C:\Users\brendanx\Documents1