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多基因联合建树图解教程(引用高老师)
时间:2022-11-12 02:27:55 下载该word文档
>>>>多基因联合建树图解教程(引高老师原创)工具】(引用高老师原创)MAFFT(多序列比对及序列排序)、SequenceMatrix(多源数据合并)、PAUP(同质性检验)、Mrbayes(支持分源数据集建树)【流程】1.序列比对及排序在MEGA中打开序列进行逐一进行多重比对,并对序列名称进行排序。排序的目的主要是避免后续序列串联拼接时发生错位,如上图所示,点击MEGA比对浏览器界面的左上角"Species/Abbrv"即可进行升序/降序排列,最后导出Fasta格式的多重序列比对文件。2.序列合并运行SequenceMatrix,在菜单上依次点击“Import”-“AddSequence”-选择待目的序列,如下图:>>>>
>>>>导出过程会提示是否将空位标记为问号,建议选择选择“全否”。逐一添加不同基因的多重比对序列后,同样点击菜单栏上方的“Export”导出nexus文件的合并序列文件,这里注意不同基因的前后顺序。>>>>
>>>>导出的nexus带序列长度的标识,建议用PAUP等软件对序列文件进化格式化,建议保存为non-interleaved的nexus文件。3.同质性检验同质性检验(Testingforhomogeneity)两种方法的参考脚本:(1)不相合长度差异检验(Incongruencelengthdifferencetest,ILDTest>>>>
>>>>------------------------------------------------beginset;CHARSET01P1=1-825;CHARSET02HC=826-2220;CHARSET03Vpg=2221-2784;charpartitiongenes=gene1:01P1,gene2:02HC,gene3:03VPg;end;BeginPAUP;logfile=ildtest.log;hompartpartition=genesnreps=100/start=stepwiseaddseq=randomnreps=10savereps=norandomize=addseqrstatus=nohold=1swap=tbrmultrees=yes;logstop;End;-------------------------------------------------------------(2)同质性检验(Partitionhomogeneitytest,PHT--------------------------------------------------beginsets;charpartitionfavored=1:1-825,2:826-2220,3:2221-2784;end;beginpaup;hompartpartition=favorednreps=100search=bandb;end;-------------------------------------------------这里仅演示ILDTest检验,将上述参考文件添加在第2步得到合并的nexus文件尾,如下图
>>>>添加脚本完毕,在PAUP中打开添加脚本后的nexus文件,运行如下图所示>>>>>>>