中国科学院数学与系统科学研究院

*中国科学院数学研究所

*中国科学院应用数学研究所

*中国科学院系统科学研究所

*中国科学院计算数学与科学工程计算研究所

中国科学院物理研究所

中国科学院理论物理研究所

中国科学院高能物理研究所

中国科学院力学研究所

中国科学院声学研究所

中国科学院理化技术研究所

中国科学院化学研究所

中国科学院生态环境研究中心

中国科学院过程工程研究所

中国科学院地理科学与资源研究所

中国科学院国家天文台

*中国科学院云南天文台

*中国科学院乌鲁木齐天文工作站

*中国科学院长春人造卫星观测站

*中国科学院南京天文光学技术研究所

中国科学院遥感应用研究所

中国科学院地质与地球物理研究所

中国科学院古脊椎动物与古人类研究所

中国科学院大气物理研究所

中国科学院植物研究所

中国科学院动物研究所

中国科学院心理研究所

中国科学院微生物研究所

中国科学院生物物理研究所

中国科学院遗传与发育生物学研究所

*中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心（原中国科学院石家庄农业资源研究所）

中国科学院计算技术研究所

中国科学院软件研究所

中国科学院半导体研究所

中国科学院微电子研究所

中国科学院电子学研究所

中国科学院自动化研究所

中国科学院电工研究所

中国科学院工程热物理研究所

中国科学院空间科学与应用研究中心

中国科学院自然科学史研究所

中国科学院科技政策与管理科学研究所

中国科学院光电研究院

北京基因组研究所

中国科学院青藏高原研究所

国家纳米科学中心

院直属事业单位（京外）

中国科学院山西煤炭化学研究所

中国科学院沈阳分院

中国科学院大连化学物理研究所

中国科学院金属研究所

中国科学院沈阳应用生态研究所

中国科学院沈阳自动化研究所

中国科学院海洋研究所

青岛生物能源与过程研究所(筹)

烟台海岸带可持续发展研究所（筹）

中国科学院长春分院

中国科学院长春光学精密机械与物理研究所

中国科学院长春应用化学研究所

中国科学院东北地理与农业生态研究所

*中国科学院东北地理与农业生态研究所农业技术中心（原中国科学院黑龙江农业现代化研究所）

中国科学院上海分院

中国科学院上海微系统与信息技术研究所

中国科学院上海技术物理研究所

中国科学院上海光学精密机械研究所

中国科学院上海硅酸盐研究所

中国科学院上海有机化学研究所

中国科学院上海应用物理研究所 （原子核研究所）

中国科学院上海天文台

中国科学院上海生命科学院

*生物化学与细胞生物学研究所

*神经科学研究所

*药物研究所

*植物生理生态研究所

*国家基因研究中心

*健康科学研究中心

*中国科学院上海生命科学信息中心

*营养科学研究所

*中国科学院上海生物工程研究中心

中国科学院上海巴斯德研究所（筹）

中国科学院福建物质结构研究所

中国科学院城市环境研究所

中国科学院宁波材料技术与工程研究所(筹)

中国科学院南京分院

中国科学院紫金山天文台

中国科学院南京地质古生物研究所

中国科学院南京土壤研究所

中国科学院南京地理与湖泊研究所

中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所(筹)

中国科学院合肥物质科学研究院

*中国科学院安徽光学精密机械研究所

*中国科学院等离子体物理研究所

*固体物理研究所

*中国科学院合肥智能机械研究所

中国科学院武汉分院

中国科学院武汉岩土力学研究所

中国科学院武汉物理与数学研究所

中国科学院武汉病毒研究所

中国科学院测量与地球物理研究所

中国科学院水生生物研究所

中国科学院武汉植物园( 原武汉植物研究所)

中国科学院广州分院

中国科学院南海海洋研究所

中国科学院华南植物园（原华南植物研究所）

中国科学院广州能源研究所

中国科学院广州地球化学研究所

*中国科学院广州地球化学研究所长沙矿产资源勘查中心（原中国科学院长沙大地构造研究所）

中国科学院亚热带农业生态研究所（长沙农业现代化研究所）

中国科学院深圳先进技术研究院

广州生物医药与健康研究院

中国科学院成都分院

中国科学院成都生物研究所

中国科学院成都山地灾害与环境研究所

中国科学院光电技术研究所

中国科学院昆明分院

中国科学院昆明动物研究所

中国科学院昆明植物研究所

中国科学院西双版纳热带植物园

中国科学院贵阳地球化学研究所

中国科学院西安分院

中国科学院西安光学精密机械研究所

中国科学院地球环境研究所

中国科学院兰州分院

中国科学院近代物理研究所

中国科学院兰州化学物理研究所

中国科学院寒区旱区环境与工程研究所

中国科学院兰州地质研究所

中国科学院青海盐湖研究所

中国科学院西北高原生物研究所

中国科学院新疆分院

中国科学院新疆理化技术研究所

中国科学院新疆生态与地理研究所